Στο ισόγειο του μοναστηριού διατηρούνται τα αρχικά κελιά και οι αρχικοί ειδικοί χώροι, και στον όροφο υπάρχουν τα μεταγενέστερα κελιά με τους χώρους της τραπεζαρίας και μαγειρείου. Ο ναός δεσπόζει στην όλη σύνθεση. Είναι τύπου σταυροειδούς με τρούλο, με πυργοειδές κωδωνοστάσιο στον άξονα της εισόδου του και πολύτιμο ξυλόγλυπτο παραδοσιακό τέμπλο. Οι λεπτομέρειες κατασκευής, ιδιαίτερα των αρχικών χώρων, είναι χαρακτηριστικές, σε αρμονία με την απλότητα του μοναστηριού.

Το όλο έργο είναι ένα όμορφο παράδειγμα νησιωτικής μοναστηριακής αρχιτεκτονικής· τα δανεικά στοιχεία, αφομοιωμένα στο μεγαλύτερο μέρος τους, δεν επηρεάζουν το γενικό ύφος της σύνθεσης των κτιρίων.

Η εξωτερική μορφή είναι φρουριακή και έχει στο ισόγειο πολεμίστρες και παράθυρα, τα οποία κατασκευάστηκαν αργότερα, ενώ στον όροφο παράθυρα μεγάλων διαστάσεων. Σε αντίθεση με την εξωτερική εντύπωση, στο εσωτερικό της μονής επικρατεί η γαλήνη, η γραφικότητα και η απλότητα.

Η πύλη έχει μια βαριά, ξύλινη καρφωτή πόρτα, η οποία κλείνει με μεταλλικές ράβδους, που στερεώνονται πάνω σε εσωτερικές παραστάδες- εξωτερικά φέρει παραστάδες με επιστύλιο, όπου υπάρχει αβαθής τοξωτή εσοχή με ζωγραφιστή την εικόνα της Ζωοδόχου Πηγής. Στην είσοδο της Μονής, το διαβατικό, που καλύπτεται με ημικυλινδρικό θόλο, υπάρχουν κτιστά καθίσματα για τους φτωχούς, οι οποίοι περίμεναν εκεί για τη διανομή φαγητού ή χρημάτων.

Δίπλα στο διαβατικό υπάρχει χώρος, κλεισμένος σήμερα με τοίχους. Εδώ διέμενε πιθανότατα θυρωρός, ο οποίος υπήρχε σ' όλες τις μονές, για να ελέγχει την είσοδο γενικά, όπως και την έξοδο των μοναχών, που επιτρεπόταν μόνο μετά από άδεια του ηγουμένου.

Σε θέση διαμετρικά αντίθετη από την πύλη υπήρχε η παραπυλίς. Σήμερα έχει κλειστεί με λιθοδομή. Πάνω στον τοίχο υπάρχει σταυρός, ο οποίος σχηματίστηκε κατά τη διάρκεια του κτισίματος του τοίχου.

Σ' αυτό το σημείο καταλήγει ο δρόμος για τη μονή, που ξεκινάει από τον όρμο. Μέσω της παραπυλίδας, πραγματοποιούνταν και η επικοινωνία της μονής με το νεκροταφείο, που βρίσκονταν δίπλα.

Η εξωτερική, προς την αυλή όψη της σειράς των κελιών είναι απλή. Οι πόρτες έχουν κατασκευαστεί γενικά με τοξωτά υπέρθυρα εξωτερικά και με ευθύγραμμα (υπέρθυρα) εσωτερικά και έχουν πολύ μικρό ύψος και πλάτος·

τα παράθυρα είναι επίσης μικρά. Στο κάθε κελί αντιστοιχεί πόρτα, παράθυρο ή και πολεμίστρα προς στην πλευρά της αυλής της Μονής, ενώ προς τον περιμετρικό τοίχο (ο οποίος έχει πάχος μόνο 80 εκ. για λόγους οικονομίας χώρου) υπάρχουν μόνο πολεμίστρες, εδώ ιδιαίτερα συναντάμε το μοναδικό παλιό παράθυρο στον εξωτερικό τοίχο της μονής, το οποίο φαίνεται να είχε ειδική χρήση ή ήταν, όπως λέγεται, στο κελί του πρώτου ηγουμένου της μονής, ο οποίος ήταν τυφλός.

Στα κελιά αυτά της βορεινής ισόγειας πτέρυγας δεν υπάρχουν εστίες (τζάκια). Φαίνεται ότι δεν κατασκευάστηκαν, εξαιτίας του ήπιου κλίματος της περιοχής, που προστατεύεται από τον βορά με λόφους. Πιθανότατα χρησιμοποιούνταν κατά την διάρκεια των ψυχρών νυκτών το κελί με εστία στο ισόγειο της μεσημβρινής πτέρυγας, ως φωτάναμμα.

Στη μεσημβρινή και τη δυτική πτέρυγα του ισογείου υπάρχουν οι γενικής χρήσης χώροι της μονής, δηλαδή οι φούρνοι μαζί με το ζυμωτήριο, η τραπεζαρία, το φωτάναμμα, η βιβλιοθήκη, ο ξενώνας, οι αποθήκες, οι σταύλοι. Η στέγαση αυτών των χώρων γινόταν επίσης με ημικυλινδρικούς θόλους.

Χαρακτηριστικό των μέτρων ασφαλείας τα οποία λαμβάνονταν είναι η ύπαρξη καταπακτής μέσα σε ντουλάπι του χώρου κοντά στο γωνιακό της δυτικής πτέρυγας, η οποία (καταπακτή) είχε σκάλα που οδηγούσε από το ισόγειο στον όροφο της μεσημβρινής πτέρυγας της μονής.

Μπροστά από τους χώρους του ισογείου της μεσημβρινής και δυτικής πτέρυγας υπάρχει στοά με κιονοστοιχία από λιθοδομή.

Μπορούμε να υποθέτουμε ότι κατ' αναλογία προς τη μονή της Πάτμου, αλλά και προς άλλες μονές κυκλαδικής αρχιτεκτονικής, ότι οι παλιοί ισόγειοι χώροι της Μονής Ζωοδόχου Πηγής Καλαυρείας καλύπτονταν με δώμα, το οποίο φερόταν πάνω στους κυλινδρικούς θόλους. Έτσι δικαιολογείται και το μεγάλο πάχος της κατασκευής μεταξύ οροφής του ισογείου και του δαπέδου του ορόφου.

Χαρακτηριστικό του ορόφου της μονής είναι η ύπαρξη πολλών ξύλινων κατασκευών. Το γεγονός αυτό έχει προκαλέσει πολλές επισκευές, εξαιτίας της μεγάλης φθοράς η οποία με την πάροδο του χρόνου επέρχεται στα ξύλα.

Το ξύλο, όπως και τα περισσότερα από τα υλικά της κατασκευής, εισάγονταν στον Πόρο από άλλα μέρη.

ΕΠΙΣΤΡΟΦΗ